院校的研究生教育始于1954年，截至1965年共招收培养研究生210余人（无学位）。1966年-1976年间研究生教育中断10年，1978年院校恢复研究生招生，是国务院首批批准可授予博士、硕士学位的单位，也是实行单独考试和可面向港澳台招生的院校之一。1982年组成了第一届院校学位评定委员会，并于1982年首次授予硕士学位，1985年首次授予博士学位，揭开了院校研究生教育史上新的一页。1986年7月成立研究生院，统一领导院校的学位与研究生教育工作，1996年10月顺利通过国务院学位办对33所研究生院的合格评估并正式挂牌。

学校是第一批“双一流”建设高校，也是全国首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，拥有生物学、基础医学、临床医学、药学、公共卫生与预防医学、护理学、生物医学工程等学科，覆盖医学、理学、工学、管理学、哲学5个学科门类。现有12个学术学位授权点（含7个一级学科博士学位授权点、3个一级学科硕士学位授权点、2个二级学科硕士学位授权点）、11个专业学位授权点（包括4个博士专业学位授权点，7个硕士专业学位授权点）。学校现有教育部一流建设学科5个，包括临床医学、药学、生物学、生物医学工程、公共卫生与预防医学。国家级重点学科一级学科2个、二级学科8个、三级学科2个、重点培育学科1个；北京市高精尖学科1个、北京市重点学科一级学科4个、二级学科3个、三级学科1个，交叉学科1个。共有17个ESI（基本科学指标）学科进入全球前1%，其中，药理学与毒理学进入全球前1‱，临床医学、分子生物学与遗传学、免疫学、生物学与生物化学、微生物学进入全球前1‰行列。

院校拥有一大批在医学卫生领域经验丰富、学术水平较高并做出杰贡献的专家、教授。现有两院院士28人，国家级高层次人才273人。博士生导师1340名、硕士生导师1279名。学校现有全国重点实验室11个（其中牵头建设8个，参与建设3个），占医药领域全国重点实验室总数的1/6，居全国医学院校之首。有国家临床医学研究中心5个，其他国家级科研平台15个，省部级科研平台72个。

院校研究生教育依托分布在全国各地的35个研究生培养单位，形成了院校—所院两级系统完整的多层次多类型的人才培养体系。

院校全日制在校研究生接近一万人。经过多年的建设与发展，院校已初步建成学科门类齐全，指导力量雄厚，科研基础扎实，集医教研产为一体的医学类高端创新人才的培养基地。