为全面贯彻落实习近平总书记“努力把中国医学科学院建设成为我国医学科技创新体系的核心基地”重要指示精神，系统总结科技先行国家医学科研机构的建设经验，深入探索符合我国国情的医学科技创新体系建设路径，中国医学科学院于2018年底启动院外研发机构建设工作。
自启动以来，院外研发机构坚持动态调整、优化布局，建设规模稳步扩大。截至目前，已合作建设97家院外研发机构，包括2家研究院、1家研究基地、87家创新单元、3家研究中心及4家工作站，覆盖临床医学、基础医学、转化医学、公共卫生与资源保障等领域，初步形成多类型、广覆盖的医学科研协同创新网络。
| 序号 | 院外研发机构名称 | 依托单位 |
| 1 | 中国医学科学院老年医学研究院 | 北京医院 |
| 2 | 中国医学科学院呼吸病学研究院 | 中日友好医院 |
| 3 | 中国医学科学院华西研究基地 | 四川大学华西医院 |
| 4 | 中国医学科学院卵成熟障碍综合诊治研究创新单元 | 北京大学第三医院 |
| 5 | 中国医学科学院小儿遗传相关性心血管疾病早期防控创新单元 | 复旦大学附属儿科医院 |
| 6 | 中国医学科学院内镜下鼻颅底肿瘤外科治疗技术创新单元 | 复旦大学附属眼耳鼻喉科医院 |
| 7 | 中国医学科学院口腔黏膜癌变与防治创新单元 | 四川大学华西口腔医院 |
| 8 | 中国医学科学院眼组织发育和再生医学创新单元 | 中山大学眼科中心 |
| 9 | 中国医学科学院情感认知障碍综合诊疗关键技术创新单元 | 北京大学第六医院 |
| 10 | 中国医学科学院脑损伤后上下肢协同重建技术创新单元 | 复旦大学附属华山医院 |
| 11 | 中国医学科学院显微与内镜结合颅底外科技术创新单元 | 复旦大学附属华山医院 |
| 12 | 中国医学科学院新发再发病毒适应进化及其防控应用创新单元 | 中国疾病预防控制中心 |
| 13 | 中国医学科学院未知细菌发现和功能研究创新单元 | 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 |
| 14 | 中国医学科学院精神放射影像创新单元 | 四川大学华西医院 |
| 15 | 中国医学科学院围术期应激风险评估与临床决策创新单元 | 四川大学华西医院 |
| 16 | 中国医学科学院细胞代谢监测成像新技术创新单元 | 华东理工大学 |
| 17 | 中国医学科学院多模态跨尺度神经信号检测与成像创新单元 | 华中科技大学苏州脑空间信息研究院 |
| 18 | 中国医学科学院医学神经生物学创新单元 | 北京脑科学与类脑研究所 |
| 19 | 中国医学科学院基于蛋白组学的药物研发新技术创新单元 | 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所 |
| 20 | 中国医学科学院纳米材料与技术创新单元 | 国家纳米科学中心 |
| 21 | 中国医学科学院药物代谢新技术创新单元 | 天津药物研究院有限公司 |
| 22 | 中国医学科学院细胞生长因子与疾病研究及临床转化创新单元 | 温州医科大学 |
| 23 | 中国医学科学院脑肿瘤精准诊疗与转化医学创新单元 | 首都医科大学北京天坛医院 |
| 24 | 中国医学科学院慢性鼻病诊疗创新单元 | 首都医科大学附属北京同仁医院 |
| 25 | 中国医学科学院海岛急救医学创新单元 | 海南医科大学 |
| 26 | 中国医学科学院食品安全创新单元 | 国家食品安全风险评估中心 |
| 27 | 中国医学科学院医用大动物疾病模型构建创新单元 | 中国科学院广州生物医药与健康研究院 |
| 28 | 中国医学科学院儿童危重感染诊治创新单元 | 首都医科大学附属北京儿童医院 |
| 29 | 中国医学科学院医学检验创新单元 | 中国医科大学第一附属医院 |
| 30 | 中国医学科学院脑血管病人工智能研究创新单元 | 首都医科大学附属北京天坛医院 |
| 31 | 中国医学科学院肝胆胰肿瘤综合诊治研究创新单元 | 浙江大学 |
| 32 | 中国医学科学院感染病（传染病）及微生态创新单元 | 浙江大学 |
| 33 | 中国医学科学院结构疫苗学前沿技术创新单元 | 厦门大学 |
| 34 | 中国医学科学院免疫介导肾病诊治创新单元 | 北京大学第一医院 |
| 35 | 中国医学科学院近视的基础和临床防控创新单元 | 温州医科大学附属眼视光医院 |
| 36 | 中国医学科学院常见致盲眼病研究及防治创新单元 | 四川省医学科学院·四川省人民医院 |
| 37 | 中国医学科学院免疫相关性皮肤病诊治关键技术创新单元 | 中南大学湘雅二医院 |
| 38 | 中国医学科学院血液恶性疾病诊治关键技术创新单元 | 北京大学人民医院 |
| 39 | 中国医学科学院肝脏移植与移植免疫创新单元 | 南京医科大学第一附属医院 |
| 40 | 中国医学科学院消化系统肿瘤精准诊治创新单元 | 中山大学肿瘤防治中心（附属肿瘤医院） |
| 41 | 中国医学科学院口腔颌面再生医学创新单元 | 上海交通大学医学院附属第九人民医院 |
| 42 | 中国医学科学院口腔颌面部肿瘤精准病理诊断创新单元 | 北京大学口腔医院 |
| 43 | 中国医学科学院神经信息创新单元 | 电子科技大学 |
| 44 | 中国医学科学院乙肝病毒慢性感染治愈研究创新单元 | 复旦大学 |
| 45 | 中国医学科学院心血管病和肿瘤大型队列创新单元 | 南京医科大学 |
| 46 | 中国医学科学院人兽共患寄生虫致病机制研究创新单元 | 沈阳农业大学 |
| 47 | 中国医学科学院自然疫源性疾病发现与溯源创新单元 | 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所 |
| 48 | 中国医学科学院肿瘤病理智能分型与精准治疗创新单元 | 浙江大学 |
| 49 | 中国医学科学院应激与肿瘤创新单元 | 上海交通大学 |
| 50 | 中国医学科学院心律的起源与调控创新单元 | 同济大学附属东方医院 |
| 51 | 中国医学科学院脑疾病的线粒体机制研究创新单元 | 北京大学分子医学南京转化研究院 |
| 52 | 中国医学科学院消化道微生态药理毒理学创新单元 | 河北医科大学 |
| 53 | 中国医学科学院精准肝胆外科范式创新单元 | 清华大学附属北京清华长庚医院 |
| 54 | 中国医学科学院情感和情感障碍的脑机制创新单元 | 浙江大学 |
| 55 | 中国医学科学院肝癌转移复发防治的基础与临床研究创新单元 | 复旦大学附属中山医院 |
| 56 | 中国医学科学院严重创伤救治和组织修复与再生医学创新单元 | 解放军总医院 |
| 57 | 中国医学科学院心血管技术与器械创新单元 | 复旦大学附属中山医院 |
| 58 | 中国医学科学院精准激光医学诊疗创新单元 | 解放军总医院 |
| 59 | 中国医学科学院细胞应激研究创新单元 | 厦门大学 |
| 60 | 中国医学科学院蛋白质组学驱动的肿瘤精准医学创新单元 | 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所 |
| 61 | 中国医学科学院胚胎源性疾病研究创新单元 | 复旦大学附属妇产科医院 |
| 62 | 中国医学科学院道地药材研究创新单元 | 中国中医科学院中药研究所 |
| 63 | 中国医学科学院皮肤及皮肤病群体遗传学和防控新技术研究创新单元 | 复旦大学 |
| 64 | 中国医学科学院人兽共患病毒病防控关键技术研究创新单元 | 军事科学院军事医学研究院军事兽医研究所 |
| 65 | 中国医学科学院代谢性疾病的临床和基础研究创新单元 | 上海交通大学医学院附属瑞金医院 |
| 66 | 中国医学科学院天然免疫与炎性疾病创新单元 | 武汉大学 |
| 67 | 中国医学科学院NK细胞研究创新单元 | 中国科学技术大学 |
| 68 | 中国医学科学院多肽研究创新单元 | 兰州大学 |
| 69 | 中国医学科学院烧伤暨烧创复合伤救治关键技术创新单元 | 解放军海军军医大学第一附属医院(上海长海医院) |
| 70 | 中国医学科学院肿瘤的表观遗传学病理研究创新单元 | 复旦大学 |
| 71 | 中国医学科学院寒地慢病研究创新单元 | 哈尔滨医科大学 |
| 72 | 中国医学科学院放射肿瘤学创新单元 | 山东省肿瘤医院 |
| 73 | 中国医学科学院新型药物先导分子发现创新单元 | 中国科学院上海药物研究所 |
| 74 | 中国医学科学院恶性肿瘤发生发展分子机制研究创新单元 | 北京市肿瘤防治研究所（北京大学肿瘤医院） |
| 75 | 中国医学科学院疼痛医学研究创新单元 | 广东省智能科学与技术研究院 |
| 76 | 中国医学科学院细胞焦亡与炎症反应创新单元 | 北京生命科学研究所 |
| 77 | 中国医学科学院配子发生与辅助生殖子代健康研究创新单元 | 山东大学 |
| 78 | 中国医学科学院早期非小细胞肺癌智能诊疗创新单元 | 北京大学人民医院 |
| 79 | 中国医学科学院医学科研管理/代谢性心血管疾病基础与临床研究创新单元 | 北京大学第三医院 |
| 80 | 中国医学科学院抗病毒天然产物化学生物学研究创新单元 | 中国科学院昆明植物研究所 |
| 81 | 中国医学科学院创新疫苗质量评价和标准化研究创新单元 | 中国食品药品检定研究院 |
| 82 | 中国医学科学院细胞死亡机制研究创新单元 | 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 |
| 83 | 中国医学科学院成瘾与记忆机制研究创新单元 | 复旦大学 |
| 84 | 中国医学科学院血液肿瘤基因组学与转化研究创新单元 | 上海交通大学附属瑞金医院 |
| 85 | 中国医学科学院中药复杂组分PK-PD结合研究创新单元 | 中国药科大学 |
| 86 | 中国医学科学院面向重大疾病特异性治疗的纳米催化医学创新单元 | 中科院上海硅酸盐研究所 |
| 87 | 中国医学科学院结构性心脏病微创治疗创新单元 | 四川大学/国家生物医学材料工程技术研究中心 |
| 88 | 中国医学科学院药物设计方法研究创新单元 | 北京大学 |
| 89 | 中国医学科学院细胞外非编码RNA创新单元 | 南京大学 |
| 90 | 中国医学科学院循证评价与指南研究创新单元 | 兰州大学 |
| 91 | 中国医学科学院武汉传染性疾病诊治研究中心 | 武汉市金银潭医院 |
| 92 | 中国医学科学院深圳传染性疾病防控研究中心 | 深圳市疾病预防控制中心 |
| 93 | 中国医学科学院深圳传染性疾病诊疗研究中心 | 国家感染性疾病临床研究中心/深圳市第三人民医院 |
| 94 | 中国医学科学院湖南新发突发传染病防治工作站 | 湖南省疾病预防控制中心 |
| 95 | 中国医学科学院成都新发突发传染病防治工作站 | 成都市疾病预防控制中心 |
| 96 | 中国医学科学院广东新发突发传染病防治工作站 | 广东省疾病预防控制中心 |
| 97 | 中国医学科学院浙江新发突发传染病防治工作站 | 浙江省疾病预防控制中心 |
